Las aguas y sus primeras utilizaciones datan del siglo XIX, aunque según los anales, el descubridor fue un jesuita francés que estaba de paso en el barrio de Bollain. Ya hacia el 1800 había una pequeña casa de baños, que fue destruida un año más tarde por las inundaciones. Debido al antiguo curso del río, hoy desviado, éstas eran continuas y fueron el origen de la reconstrucción de la casa en los años 1826, y 1829. El uso de las termas comenzó de forma muy sencilla y su utilización vacacional y medicinal se debió, en su día, al espíritu emprendedor de don Rafael de Guardamino y de las familias Bergé e Ibarra. En la década de los años 90 del siglo XIX las aguas fueron reconocidas como de uso curativo y medicinal y en 1926 se declaran de utilidad pública minero-medicinal. El edificio que hoy conocemos como Casa de Espiritualidad y Acogida se construyó entre los años 1895 y 1897, como ampliación de la casa que existía desde 1847. La casa estuvo abierta al público y funcionando con gran éxito hasta el año 1936, cuando tuvo que ser cerrada debido al inicio de la guerra civil. Entonces sirvió como campo de internamiento y hospital de guerra. Pasada ésta, se volvió a reabrir la casa, esta vez de la mano de Don Juan de Zabala. Debido a la época de posguerra, se hizo en una forma mucho más sencilla. No duró mucho, ya que entre 1940 y 1941 el gobierno requirió el uso de la casa para poder alojar a las tropas internacionales de Francia que, obligadas a cruzar la frontera, partían para Marruecos o Algeria. En 1945 se convirtió en centro de internamiento de tropas alemanas que escapaban de los aliados durante la II Guerra Mundial. El primer palotino llegó al valle de Carranza en el año 1948 alojándose en casa de la familia Beraza, en Bosobrón. Pasado un tiempo, atendía la capilla del balneario. La guerra y la postguerra habían dejado el edificio principal en condiciones ruinosas. Apesar de ello, en el año 1952 la comunidad solicita y obtiene de los dueños el permiso para habitar el edificio principal y en 1953 para instalar en el edificio anejo un colegio para jóvenes vocaciones., pudiendo gracias a ello mantener el edificio habitado y habitable. Ese fue su uso hasta 1957. En 1960, la casa se compró definitivamente a la Sociedad Anónima Termas de Molinar, representado por D. Javier Ibarra Bergé. La comunidad de los palotinos la restauró para el uso actual, como casa de espiritualidad y acogida, de encuentro y de relax, entre los años 1983 y 1985, tras las inundaciones sucesivas del 78 y 83. La última remodelación se ha acometido en 2002-2003.